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13 de octubre de 1936
Ingresa en la clínica del doctor Suils
Vázquez de Prada
El Fundador del Opus Dei
La clínica donde le internaron era un chalet en la periferia de Madrid, zona a medio urbanizar, con extensos solares y terrenos baldíos. El edificio, de construcción reciente y con jardín, constaba de tres pisos: un semisótano donde estaban los enfermos mentales graves y otras dos plantas para los enfermos en observación.
El doctor Suils estaba, en esos momentos, fuera de la clínica. Entrevistó al enfermo su ayudante, el doctor Turrientes, que, sin andarse con rodeos, dijo a don Josemaría: «Bueno, mire, yo sé que Vd. es sacerdote, pero aquí debe ir con cuidado en hablar de estas cosas». El recién ingresado guardó un prudente silencio, sin prometer cosa alguna. Dejó de repetir que era el doctor Marañón y simuló, por su cuenta y riesgo, una afonía histérica. Esta cauta prevención le permitía estudiar, sin compromiso por su parte, el ambiente del nuevo refugio.
Don Josemaría, que ocupaba una habitación en la planta encima del semisótano, debió sentir terriblemente el aislamiento de los primeros días. El martes 13 de octubre, escribe Juan en su diario: «Cuando iba a salir de casa telefonea el médico de guardia del sanatorio. El Padre está bien. Podemos ir a verle si queremos [...]. La madre de Herrero (no estaba él en su casa) dice que es un disparate visitar al Padre. Se comprende que esté intranquilo sin saber nada de nosotros, pero hay que aguantarse. Tiene razón, aunque pienso lo que estará rezando el Padre. Completamente aislado. También a nosotros nos gustaría verle, pero no vamos a crear nuevas complicaciones por bobadas afectivas. Por eso fui a casa de Suils esta tarde. Le he dicho que el Padre no se ocupe de nadie. Como si no estuviéramos en Madrid. Ni teléfono ni nada. Únicamente si hay peligro para él que me avisen a mi casa. Me cuenta que simuló una afasia histérica. Ahora ya habla algo, muy poco para no dar lugar a sospechas».
Juan Jiménez Vargas, curtido por el peligro, entendía a su modo las «bobadas afectivas». Durante esos últimos días no hacía otra cosa que desvivirse por servir a los demás de la Obra. Visitó a Álvaro, que intentaba refugiarse en la Embajada de Méjico. Se preocupó por saber cómo andaba Chiqui. Estuvo con José María González Barredo, y con Isidoro y con Vicente Rodríguez Casado, otro miembro de la Obra que no podía salir de casa, por el peligro de ser encarcelado. En fin, estaba haciendo por el Padre lo que éste no se imaginaba: el que pudiera decir misa.
En esos primeros meses de terror la persecución religiosa fue despiadada. Los sacerdotes no encarcelados o asesinados, andaban escondidos. Las iglesias, quemadas o destinadas a usos profanos. Las sacristías, desmanteladas. Se volvía a la Iglesia de las catacumbas. Sabedora de las tribulaciones y angustias por las que atravesaban los católicos españoles, la Santa Sede concedió la facultad de celebrar "el Santo Sacrificio sin ara, sin ornamentos sagrados y usando, en vez de cáliz, un vaso de vidrio decente". Estas disposiciones, sobre el culto en la Iglesia de la clandestinidad, tardaron algunas semanas en llegar al conocimiento de los fieles de la zona republicana.
Sin conocer al personal ni el régimen del sanatorio, era sumamente arriesgado intentar que el Padre dijera allí misa, sin haber preparado antes las cosas. Eugenio Sellés, que no vivía demasiado lejos del sanatorio, ofreció su casa para celebrar la misa. La operación, sin embargo, no se llevó a cabo.