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Tres veces estuvo don Josemaría en Portugal el año 1945. La primera en febrero, con ocasión de una visita al Sr. Obispo de Tuy, su buen amigo fray José López Ortiz. En un convento de Tuy se encontraba por aquel entonces Sor Lucia, la vidente de Fátima. El Prelado preparó el encuentro de la religiosa con don Josemaría. Entrevista que resultó providencial, pues Sor Lucia insistió y suplicó al Fundador que fuese a Portugal. El viaje estaba entre sus proyectos apostólicos, pero no a la sazón. En aquel momento no tenían siquiera pasaporte. Mas eso no fue obstáculo, porque con una llamada telefónica a Lisboa Sor Lucia obtuvo un permiso de entrada en Portugal para el Padre y sus acompañantes.
El viaje que emprendieron el Padre y don Álvaro desde Madrid el 29 de enero, con breves estancias en Ávila, Salamanca, Valladolid, Palencia, León, Astorga y Orense, se alargó impensadamente por tierras portuguesas, a instancias de Sor Lucia. Acompañaron al Padre y a don Álvaro el Obispo de Tuy y su Secretario de Cámara, don Eliodoro Gil Rivera, que no era la primera vez que viajaba con don Josemaría desde el día que perdieron el tren en León, en julio de 1938. Al volante iba Miguel Chorniqué.
El 5 de febrero estaban en Oporto y saludaron al Sr. Obispo, Mons. Agostinho de Jesús Souza. Al día siguiente les invitó a almorzar Mons. José Alves Correia da Silva, Obispo de Leiria. Visitaron después el Santuario de Nuestra Señora de Fátima, que estaban terminando de construir. En Aljustrel, conoció el Padre a varias familias que habían tenido parte en los hechos históricos, y hasta se hizo una foto con la madre de Jacinta, una de las videntes. En Fátima encomendó el Fundador la futura labor apostólica en Portugal y fechó el prólogo a la cuarta edición de Santo Rosario: 6 de febrero de 1945.
El día 7 se entrevistó en Lisboa con el Cardenal Cerejeira, que estuvo muy afectuoso, pero que —al decir del Obispo de Tuy— «no entendió mucho la novedad de la Obra». Don Josemaría quedó con él en hablar más despacio sobre el Opus Dei en una próxima ocasión.
En Coimbra les recibió, a pesar de hallarse enfermo, Mons. Antonio Antunes. Como refiere Mons. López Ortiz, en contraste con su anterior comentario, el Sr. Obispo de Coimbra «fue todo efusión y cariño, y se manifestó muy dispuesto a ayudar. El Padre dispuso que se comenzara allí la labor».
Desde Coimbra hicieron el viaje de vuelta: Oporto, Tuy, Santiago de Compostela, Covadonga, Burgos, Valladolid. El 14 de febrero estaban de vuelta en Madrid. A mediados de junio hizo el Fundador un segundo viaje de una semana a Portugal, acompañado de don Álvaro; y un tercero, también con don Álvaro, en la segunda mitad de septiembre de 1945.
En 1946 vivían ya en Coimbra, de modo estable, algunos fieles del Opus Dei; y en cuanto hallaron una vivienda apropiada, el Fundador solicitó del Sr. Obispo, don Antonio Antunes, permiso para tener oratorio con Sagrario.
He agradecido vivamente las dos cartas de Vuestra Excelencia Reverendísima —escribe al Obispo de Coimbra en mayo—, y las noticias que en ellas me da de los doctores españoles que se encuentran en Coimbra. Posteriormente habrá tenido el honor de saludar a Vuestra Excelencia el Profesor de la Universidad de Santiago Dr. López Rodó. Ya habrá tenido conocimiento Vuestra Excelencia de que, gracias a Dios, se ha encontrado en Coimbra una casa en alquiler. Y por esta razón agradeceré mucho que nos facilite el modelo del documento necesario para poder solicitar de Vuestra Excelencia Reverendísima el permiso para Oratorio semipúblico y Sagrario.