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En 1938, estando en Burgos, descubrió que Álvaro estaba muy metido en Dios. Después le vino la certeza de que era la roca en que podía apoyarse, y alguna vez le llamaba saxum. Dios se lo había puesto delante de los ojos. Era la persona a quien comunicaba muchos de los sucesos sobrenaturales que le acaecían, como la locución de abril de 1941 en Valencia, o la prueba terrible de La Granja, en septiembre de ese mismo año. Si tenía que ausentarse de Madrid, en sus manos dejaba la dirección de la Obra. Le encargaba gestiones delicadas y negocios de conciencia. Hasta el extremo de poder decir a don Leopoldo desde Pamplona:
Como sé que Álvaro del Portillo tiene al tanto de todas nuestras cosas a V.E. Rvma., he procurado contener mis deseos de escribirle.
El 15 de febrero don Josemaría se trajo consigo, de El Escorial a Madrid, a Álvaro del Portillo, luego de exponerle la solución al problema del título con que habían de ordenarse los sacerdotes de la Obra. Cómo, sin cambiar su condición secular, los ordenandos procedentes del Opus Dei podían ejercer su ministerio al servicio de la Sociedad Sacerdotal de la Santa Cruz, unida inseparablemente al Opus Dei.
Le había venido una respuesta por inspiración divina. Pero con eso la tarea no estaba resuelta del todo. Era preciso insertar ese hallazgo divino en la vida jurídica eclesiástica. Ahora el problema consistía en cómo vestir una idea desnuda. Ante todo era obligado atenerse al vestuario que ofrecía el Código de Derecho Canónico, es decir, escoger una figura jurídica dentro del rígido y limitado repertorio del Codex de 1917, al objeto de que el Opus Dei quedase estructurado en la normativa vigente. Volvió, por tanto, a repasar los cánones y a verse con sus anteriores consejeros: el Sr. Nuncio; el Sr. Obispo de Madrid; Mons. Calleri, de la Nunciatura; don José María Bueno, profesor del Seminario; su confesor García Lahiguera; y Mons. Lauzurica. Estando, precisamente, con este último redactó una nota, fechada en Vitoria, 28 de febrero de 1943, que introduce con estas palabras:
Es lástima que no haya ido anotando las incidencias de esta última temporada, a propósito de encontrar la fórmula que encaje definitivamente en el Código Canónico la Obra.
A la vez, en todo este asunto el Obispo de Madrid tenía una noción clara: la de que la Obra era empresa eminentemente secular y que su Fundador sentía "una gran repugnancia" a convertirla en instituto religioso, pues eso equivaldría a desvirtuar su naturaleza.
Vázquez de Prada, El Fundador del Opus Dei (vol. II). Rialp, Madrid, 2002