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El 29 de septiembre de 1963 inauguraba Pablo VI la segunda etapa conciliar. En el mes de diciembre la clausuró y luego, en los primeros días de 1964, hizo un viaje de peregrinación a Tierra Santa. A su vuelta recibió en audiencia privada al Fundador el 24 de enero. En larga conversación removieron recuerdos comunes, penas y alegrías, el arraigo en Roma de Mons. Escrivá y sus forcejeos jurídicos en la Curia. Tema éste en el que se extendió el Fundador, porque el asunto no estaba definitivamente resuelto. Terminada la audiencia, entregó a Pablo VI una carta en la que expresaba la mucha veneración y gratitud que por su persona tenía el Opus Dei. He aquí un párrafo:
Haciendo memoria de la mucha benevolencia manifestada a la Obra y a su humilde Fundador, y de los consejos, cortesía y aliento de Vuestra Santidad, tan generosos desde el lejano 1946, en que desempeñaba el cargo de Sustituto de la Secretaría de Estado, el que esto firma pone a los pies de V. Santidad lo que considera ser el espíritu y la pastoral del Opus Dei: el deseo de servir a la Iglesia como Ella desea ser servida. Tal es el programa que ha guiado siempre la actividad sacerdotal del que suscribe, en los treinta y seis años de vida del Opus Dei.
Vázquez de Prada, El Fundador del Opus Dei (vol. III). Rialp, Madrid, 2003.