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1 de octubre de 1936
San Josemaría se encuentra en plena guerra civil española huyendo de un lado a otro de Madrid. Contaba don Álvaro en algunas tertulias en 1976: "En aquellos momentos, el hecho de ser sacerdote constituía un peligro -muy grande y próximo- de perder la vida. El Padre abandonó el piso que ocupaba la Abuela. Aquella casa no era un lugar seguro para esconderse porque en la zona le conocían como sacerdote.
Uno de esos días, ahorcaron en un árbol, en plena calle, delante de la casa de la Abuela, a un hombre que se parecía mucho físicamente, pensando indudablemente que se trataba de él. Todos sus hijos tuvimos que escondernos. El Padre, apenas encontraba un refugio, celebraba lo que llamaba Misa seca. No podía celebrar una verdadera Misa ya que le faltaban las hostias y el vino. Al llegar el momento de la comunión, hacía una comunión espiritual.
Yo conseguí refugiarme con mi hermano Pepe en un chalet de la calle Serrano. Nos reunimos en aquel chalet el Padre, Juan Jiménez Vargas y yo. Así transcurrieron unas tres semanas -de encierro total- y llegó el 1 de octubre de 1936. El Padre me preguntó varias veces: Álvaro, hijo mío, mañana es 2 de octubre; ¿qué caricia nos tendrá reservada el Señor? Pero Dios no quiso esperar al día siguiente. Al rato se presentó mi hermano Ramón para avisarnos de que nos amenazaba un peligro inminente. Venía muy alarmado: Están registrando las casas. Ayer y anteayer han asesinado a seis o siete personas, entre ellas a un sacerdote. Es posible que vengan también aquí.
Entonces el Padre decidió: Vamos a no tentar a Dios. Y sucedió algo que quizá los demás no advirtieron. Ante la posibilidad de un inmediato martirio, su alma se llenó de gozo con el pensamiento de entregar su vida por Dios; pero, al mismo tiempo, el Señor le dejó solo por unos momentos y -así lo explicaba- vio su debilidad humana, sus pocas fuerzas: entonces sintió un miedo muy grande. Comprendió que toda su fortaleza era prestada. Entendió que ése era el regalo que el Cielo le hacía: la necesidad de confiar en el Señor, y no fiarse de sus fuerzas".